為持續瞭解國人健康行為與健康狀況，並蒐集衛生保健實證施政所需之國民健康指標數據，以為衛生政策擬定之參考依據，2009年三方合作單位賡續辦理NHIS，第三次調查期間為2009年6月至2010年2月。

此系列調查涵蓋健康狀態、醫療服務利用情形、健康行為等廣泛健康議題，且以全人口為抽樣調查對象，其調查執行成果向來為各界所關切。為提升調查資料收集品質與處理效率，2009年NHIS全面改用電腦輔助面訪系統（computer assisted personal interviewing, CAPI）以及電腦輔助自填問卷調查（computer assisted self-administered interview, CASAI）收集資料，並調整相關作業方式以符合CAPI操作性為原則。