衛生署於2006年邀請國衛院衛生政策研發中心郭耿南主任擔任「2020健康國民白皮書計畫」主持人，共同規劃並出版新版衛生白皮書，作為未來國民健康政策藍圖。是以郭耿南主任擔任總編輯，於國衛院組成規劃小組，並邀請國立臺灣大學衛生政策與管理研究所江東亮教授為編輯顧問，以新公共衛生典範為訂定白皮書的參考架構，並以「支持性社會環境」、「健康生活形態」與「優質健康照護」三大決定健康之重要因子規劃台灣未來健康政策的願景。參與規劃此出版品者包括醫藥、公共衛生、教育、體育、營養、生化、法律、社會學、人類學、原住民研究等領域的代表，深入各階層，全面檢視我國人民健康需求，提供健康均等之政策建議。

此外，此書各章節配合衛生署長程計畫的期程，訂有2012、2016與2020三個查核或修正時間點，適時地因應整體衛生環境狀況，調整政策方向，以更符合時代的需要。